好氧堆肥（即堆肥）是在有氧条件下，依靠好氧微生物（主要是好氧细菌）的作用使粪便中有机物质稳定化的过程。在堆肥过程中，粪便中的可溶性有机物质深入细胞，微生物通过自身的生物代谢活动，对一部分有机物进行分解代谢，即氧化分解以获得生物生长、活动所需要的能量，把另一部分有机物转化合成新的细胞物质，使微生物生长繁殖产生更多的生物体。
目前主流技术是中国农业科学院环发所的CAC膜式堆肥技术，将畜禽粪污收集起来后，利用辅料和菌剂进行预处理，通过CAC膜式堆肥技术发酵为有机肥料。发酵后的有机肥可以直接还田，起到改良土壤和给庄家提供养分的作用，并减少化肥施用量。CAC膜式堆肥技术的 优点是环保无臭，高温发酵联动技术杀灭有害病虫卵等，功能膜阻挡臭气大分子外溢，堆体一米以外完全无臭，可无害化各类畜禽粪污等有机废弃物。
粪便堆肥具有以下特点：
（1）自身产生一定的热量，并且高温持续时间长，不需要外加热源，即可实现无害化。
（2）使纤维素这种难于降解的物质分解，堆肥物料矿质化、腐殖化，产生重要的土壤活性物质。
（3）基建投资低，易于管理，设备简单。
（4）产品无味无臭、质地疏松、含水率低，便于运输和后续商品肥料加工。
目前，好氧堆肥是养殖场普遍使用的粪便处理设备的工作方式。
