目前畜禽养殖过程中的主要清粪方式有干清粪、水冲清粪和水泡粪3大类清粪方式，清粪方式选择应遵循以下原则：
首先，清粪方式应与粪污后期处理环节相互参照。清粪只是粪污管理过程的一个环节，它必须与粪污管理过程的其他环节相连接形成完整的管理系统，才能实现粪污的有效管理。也就是说，可以根据选定的清粪方式，确定后续的粪污处理技术；也可以根据选定的粪污处理技术，确定相匹配的清粪方式。例如，如果某猪场打算采取沼气工程处理粪污，该猪场的清粪方式好选择为水泡粪清粪方式；同样，如果某猪场采用水泡粪清粪方式，粪污的后期处理确定为达标排放处理就不合适，因为水泡粪的粪污中有机物浓度很高，对这样的粪污进行净化处理，显然要付出很高的代价，得不偿失。
其次，选择清粪方式还应综合考虑畜禽种类、饲养方式、劳动成本、养殖场经济状况等多方面因素。由于畜禽种类不同，其生物习性和生产工艺不同，对清粪方式的选择也有影响，例如，蛋鸡主要采用叠层笼养，由于鸡的尿液在泄殖腔与粪便混合后排出体外，生产过程中几乎只产生固体粪便，因而采用干清粪方式。
